�z�[��
CIB�Ƃ�
���猤��
�����o�[
�j���[�X
���J�u��
�Z�~�i�[
�c�[��DB
�A�N�Z�X
English
�T�C�g�}�b�v
���₢���킹

 �Z���^�[��ÁE���^�̌��J�u����

�@�������w���猤���Z���^�[�ł́A�������w�̍u�������ÁE���^���Ă��܂��B�ŐV�̏��́A�j���[�X���������������B

30/1/2014:�@16:45�`�@�a��@�� (���{���q��w�E���w��)

DNA�̕����́A�זE������E���B�����ł̕K�{�̍זE�@�\�ł���BDNA�����́A���̊J�n����I���Ɏ���܂ōזE�̒��ŗl�X�Ȓ��߂��󂯂�B���̒��ߋ@�\�̔j�]�́A�ꍇ�ɂ���Ă͍זE�̂��񉻂̈������④�i�Ɍq����B�����J�n�_�́A����DNA�������n�܂�DNA��̒n�_�i�̈�j�ł���A�q�gDNA��ɂ͑������݂���B�q�g�����J�n�_�ɂ‚��ẮA���̌����͂S�O�N�ȏ���O����s���Ă��邪�A�����ɉ�������Ȃ���{�I�Ȗ�肪�c����Ă���B����A�ߔN�̎�����V�[�N�G���T�[�Ȃǂ𗘗p������͖@�̐i���ɂ���āA�q�g�����J�n�_�̑S�e�������‚‚���B�{�Z�~�i�[�ł́A�q�g�����J�n�_�Ɋւ�����Ƃ���Ɋւ����X�̎��g�݂��Љ�����B

19/12/2013:�@16:45�`�@�E�c ���� (�������������Z���^�[)

������^�V�[�P���T�[��}�C�N���A���C�Ƃ������V������͋Z�p�ɂ��A�Q�m���S�̂ɂ‚��Ėԗ��I�Ɉ�`������͂����鎞��ɂȂ��Ă���B����ɁA����܂ł̐��F�̕����@�Ƃ�������@�ł͌��o������Ȍ�����}���A���邢�͏d���Ƃ������R�s�[���̕ω��iCNV: Copy Number Variant�j���e�ՂɌ���������悤�ɂȂ�A������ꉖ��^�iSNP: Single Nucleotide polymorphism�j�̂悤�Ȕz����̕ω����ACNV�̂ق����q�g�Q�m�����ɂ͂�葽���̉e����^���邱�Ƃ��������悤�ɂȂ����B���̂悤�ȃq�g�Q�m���̈�`�����r��������ɂ́A�K�؂ȃR���g���[���W�c�Ɣ�r���؂��邱�Ƃ��ɂ߂ďd�v�ł��邪�A�h����h�̃R���g���[���W�c�̃f�[�^�����W���邱�Ƃ͍�����‚��܂Ƃ��BCNV�Ǝ����̊֘A�����ɁA������^�V�[�P���T�[��p�����z���͂ȂǁA�����ɂ�������`���̌����ɂ‚��Ēm����񋟂������B

21/11/2013:�@16:45�`�@Gopi Kuppuraj (�����̐����q��w �������w���猤���Z���^�[)

Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD(P)) and Flavin Adenine Dinucleotide (FAD) are essential cofactor/substrate for enzymes that catalyze redox and/or nonredox reactions. Because several enzymes involved in FAD & NAD(P) metabolism have been implicated in a wide array of diseases, there is great interest in understanding how these nucleotide-dependent enzymes recognize their structures. Hence, we have analyzed various enzyme-bound NAD(P) and FAD conformations. Conformational studies using torsion angle spaces were performed to distinguish structural features as well as to establish function relationships. Quantum mechanical calculations and molecular dynamics simulation were employed to unravel non-redox enzyme (toxin)-bound NAD function and FAD conformations in solution respectively. Our results show that folding/unfolding dynamics of these cofactors could be a requirement for recognition and catalytic activity.

25/7/2013:�@16:45�`�@�O�Y �M�� (�����̐����q��w �������w���猤���Z���^�[)

�E�C���X��׋ۂ̓q�g�̐g�̂ɐN�����Ċ����ǂ��N�����B���̃��J�j�Y����m�邱�Ƃ͊����ǂ̎��Â�\�h���l�����ł̑�؂Ȋ�b�ɂȂ邪�A�ŏI�I�ɍזE�ڒ�����������ȂǕ��q�ԑ��ݍ�p��y�f�������͂��߂Ƃ������w�I�ȑ��ʂ������B���҂͌v�Z���w�Ɛ������w�����p���Ȃ�������̌����҂Ƌ��͂��ĕ� �q�\���Ƃ������ϓ_���琶���Ȋw�������s���Ă����B�{�Z�~�i�[�ł́A�w�}�O���`�j�����u���b�N���鎖�ɂ��R�C���t���G���U�‚��Ă̌����̘b�𒆐S�Ƃ��Ă��̑����҂����������Š����ǂɂ‚��Ĕ��w�ł͂��邪�b���񋟂������ƍl���Ă���B

27/6/2013:�@16:45�`�@��_ �S�i (�}�g��w �v�Z�Ȋw�����Z���^�[)

�ߔN�̃V�[�N�G���X�Z�p�̔��B�Ƃ������瓾�����ʂ̔z��f�[�^�����ɂ�����K�͕��q�n����́i����phylogenomics��́j�́A�^�j�����̌n���֌W�������x�ʼn𖾂��邱�Ƃ��ł���Ɗ��҂���Ă���B�������A���R�‹����ɂ͂���܂ŋL�ڂ���Ă��Ȃ����m�̐^�j�����������������Ă���A��X�͐^�j�����̑��l�����\���ɔc�����Ă���Ƃ͌����Ȃ��B�]���āA�^�j�����i���E�n���𗝉����邽�߂ɂ́A�n���I �ɑ��l�Ȑ����킩���ʔz��f�[�^���擾���A�n����͂��s���K�v������B�{�u���ł́A�@����܂łɉ�X���c�������^�j�������l���̌���A�Aphylogenomics��͂ɂ�薾�炩�ƂȂ����e��^�j�����̌n���֌W�A�B�V���ɕ��サ���^�j�����i���E�n���Ɋւ�����_���A��X�̌������ʂ��Љ�‚‰�����Ă䂭�B

6/12/2012:�@16:45�`�@���@� (���v���������� �f�[�^�Ȋw�����n �\���T���O���[�v)

�n����̂����鐶���́A�P�‚̋��ʑc�悩��핪�����J��Ԃ��Ȃ���i�����Ă����B�‚܂�A�����̐i���̗��j�������I�ɂ͂P�{�̌n�����̂������ŕ\���ł���͂��ł���B����̃Z�~�i�[�ł́ADNA��A�~�m�_�ȂLj�`���ɂ�镪�q�n��������ɂ�������@��������Ȃ���A�����̕��ɂƂ��Đe���݂̂���M���ނ𒆐S�ɁA���l�ȓ������ǂ̂悤�ɐi���̗��j��H���Ă��������Љ��B�n���l�Y�~�ƃn���e�����b�N�A�N�W���ȂNj�̓I�Ȑ�����ΏۂɁA�`�Ԑi���ƕ��q�i���̓����̐����A���ʐi���A�M���ސi���Ƒ嗤�ړ��̊֌W�Ȃǂ��e�[�}�ɏq�ׂčs���B�܂�����N�㐄��̌����Ɋւ��āA��̃T���v�����O���x�ɂ��e���Ȃǂ��Љ��B

22/11/2012:�@16:45�`�@Martin Frith (�Y�ƋZ�p���������� �������H�w�����Z���^�[ �Q�m����E��� �z���̓`�[��)

Sequence comparison is fundamental in genomic data analysis. It includes diverse tasks, such as: comparing two whole genomes, aligning ancient DNA reads to a modern genome, comparing metagenomic DNA to known proteins, etc. I will outline our algorithms and statistics, implemented in LAST, for high-sensitivity, BLAST-like comparison of modern high-throughput sequence data. The main feature of LAST is that it marries classic, statistically powerful alignment methods with a fast algorithm for large data. To illustrate the benefits of this approach, I will focus on alignment of bisulfite-converted DNA. Bisulfite conversion is the standard way of measuring DNA methylation, which has fundamental effects on gene regulation, stem cells, neural plasticity, cancer, etc.

12/7/2012:�@16:45�`�@Osamu Miyashita (Department of Chemistry and Biochemistry, University of Arizona, Tucson, AZ, USA)

X-ray crystallography has played the major role in structural biology, providing information on protein conformations. However, interpretation of this data is not always trivial. While proteins are flexible and adopt different conformations, X-ray structures represent only a single snapshot of the conformational ensemble. In addition, this static image may be subject to artificial forces such as crystal packing. It is especially important when several conformations of a protein are available ?some conformations reflect their biological context (such as an allosteric effector), whereas others may be under the effect of crystal packing. We have been studying several biological systems using molecular dynamics simulations and examining how experimentally determined structures correlate with the conformational ensembles to provide additional insight to the structural mechanism of their functions. We showed that, while the conformations of X-ray structures are energetically accessible, they are not always the most energetically favorable conformation. Thus, the X-ray structure itself is not sufficient to reveal the mechanism of protein function, and could even lead to inaccurate speculations.

14/6/2012:�@16:45�`�@Steven Hayward (School of Computing Sciences, University of East Anglia, Norwich, U.K.)

In proteins Ramachandran plots of helical parameters show the relationship between ��,�� angle values and structure, as helical parameters describe the path of the backbone. Although Ramachandran plots of helical parameters of repeating single peptide conformations have been used to investigate protein structure in the past, Ramachandran plots of helical parameters for dipeptide structures have not been seen before. Here these plots are used to give structural insights into known commonly occurring short peptide motifs in proteins. Dipeptide motifs discussed are the ��-turns, ��-bend ribbons, nests, catgrips and a recurring motif often associated with ��-sheet, named the �e��-curve�f .

19/1/2012:�@16:45�`�@�{���� (��t�������������فE�����w������)

�u���ށv�́C���n�I�ȐҒœ����̒��ŗ��㐶���ɓK�����邱�EƂ��Ȃ������������̂̑��̂ŁC���E�ɂR����]����������Ă���D���̖c��ȑ��l���́C5���N�Ƃ����C�������Ȃ�悤�Ȏ��ԃX�P�[���������āC�핪�� (�퐔�̑���) �Ɛ�� (�퐔�̌���) �Ƃ����v���Z�X���o�Č`�Â����Ă����D��X�̌����O���[�v�́C�~�g�R���h���A�Q�m���S���z��𑽐��̎�ԂŔ�r��͂��邱�Ƃɂ��C���܂��܂ȋ��ނ̐i���̗��j���č\�z���Ă����D����̃Z�~�i�[�ł́C�ߔN���f�B�A�ő傫�Șb��ƂȂ����u�[�C���̎O�‚̉Ȃ���‚Ɂv�C�u�[�C�N���̃E�i�M�v�C�u�����Ă��鉻�΁C���J�V�E�i�M�̔����v�Ȃǂ̃g�s�b�N���킩��₷���Љ��D����ɁC�C��n���Eĕ��z���L���邱�Ƃ̂ł��Ȃ��W�������C������ɋN�������嗤�ړ��Ɩ��ڂȊ֘A�������Đi�����C���E���ɕ��z���L���Ă��������Ƃ��������邢���‚��̎�����Љ��D

8/12/2011:�@16:45�`�@�ֈ��F (����ȑ�w��w��)

�^���p�N���͎卽���قǂ����i�����j��Ԃł͂ǂ̗l�ȍ\���I�ȓ��������‚̂��B���̑f�p�ȋ^����������邱�Ƃ́C����^���p�N���̐܂��ݖ�����艻�@�\�̉𖾂ɂ͌���I�ɏd�v�ł���B�Ȃ��Ȃ�C�܂��ݖ��ł͉�����Ԃ͂��̏�����Ԃƍl�����邵�C���艻�̎ړx�͓V�R��Ԃƕϐ�������ԂƂ̎��R�G�l���M�[���Œ�`����邩��ł���B�X�ɋߔN�ł́C�V�R�ϐ��^���p�N���E̋@�\�̏d�v�����F�m����C��肢�����������^���p�N���̍\�������ɒ��ڂ��W�܂��Ă���B �Z�~�i�[�ł́C�V�K�ɊJ�����������^���p�N���̍\���A���T���u�����v�Z�@���ɐ���������@�ƁC����Ɨn�t�w���U���iSXS�j�v���t�B���CNMR�̎c�]�o�Ɏq�����iResidual Dipolar Couplings : RDCs�j�̎����l��g�ݍ��킹�������^���p�N���̍\��������͂ɂ‚��Ĕ��\����B�X�ɋ��E�^���p�N���̕ϐ���ԂƓV�R�ϐ��^���p�N���̍\�������̈Ⴂ�ɂ‚��ċc�_�������B

24/11/2011:�@16:45�`�@Dr. Steven Hayward (School of Computing Sciences, University of East Anglia, Norwich, NR4 7TJ, UK)

��-sheet has been proposed to be the main constituent of the toxic amyloid intermediate. Molecular dynamics simulations on proteins known to be involved in amyloid diseases have demonstrated that ��-sheet can, under certain conditions, spontaneously convert to ��-sheet via ��������R��L peptide-plane flipping. Using torsion-angle driving to simulate this flip the transition has been investigated for parallel and antiparallel sheets. In the antiparallel case the strands splay apart during the transition and the final ��-sheet structure is slightly twisted, comprising gently curving strands. In parallel sheet the strands maintain identical conformations and stay hydrogen bonded during the transition as they curl up to suggest a hitherto unseen structure, the multi-helix ��-nanotube. Intriguingly, the ��-nanotube has some of the characteristics of the parallel ��-helix, a single-helix structure also implicated in amyloid. Unlike the ��-helix, ��-nanotube formation could involve identical strands aligning with each other in register as in most amyloids.

17/11/2011:�@16:45�`�@�T�c�ώj (�Y�ƋZ�p���������� �������H�w�����Z���^�[�n�򕪎q�݌v�`�[��)

�R���s���[�^�[�̐i���ɂ��A���q���͊w�iMD�j�@�̏d�v���͂܂��܂����܂��Ă���B���\�N�O�ɂ́A�P�O�O�c��ȉ��̒`�������A���s�R�b�v�Z����̂��������ς��������̂��A�ߔN�ł́A�P�~���b�܂Ōv�Z�ł���悤�ɂȂ��Ă���1,2�B�v�Z�̍������ɂ���āAMD�@�͗��w�I�ȋ����ɂ������邾���ł͂Ȃ��A�n��Ȃlj��p�����ɂ��p���邱�Ƃ��”\�ɂȂ�‚‚���B�{�u�E��ł́A�܂�MD�@�ɂ‚��ĊȒP�ȍu�`���s���ŋ߂́E������T������B���ɁA��n���򕨁A�A�~���C�h�@�ۂ̗n���܊J���ȂǁA��������܂�MD�@��p���Ď��g��ł��������ɂ‚��Ď��Ԃ̋�������q�ׂ����Ǝv���B

20/10/2011:�@16:45�`�@�嗢���� (���l�s����w��w�����ȖƉu�w�����@���C����)

�ߔN�A�Q�m���⊮�S��cDNA�Ez�񂪑�K�͂Ɍ��肳��ADNA�}�C�N�� �A���C�ɂ�葽����mRNA�̔�����񂪓�����悤�ɂȂ����B�܂�������V�[�P���T�̓o��ɂ��A�]�ʐ�����q��DNA������q�X�g���C�����Q�m�����C�h�Eɒ��ׂ���悤�ɂȂ��Ă����B�����̑�ʂ̎����f�[�^����͂��邱�Ƃɂ��A�X�̎�����͂ł͂킩��Ȃ��������Ƃ��A���炩�ɂȂ�‚‚���B�Ⴆ�΁AmRNA�Ɋւ���V�����m���𓾂���A�]�ʐ���̃��J�j�Y����זE�����Ɋւ��悤�ȓ]�ʐ�����q�𐄑�������A����g�D�ɂ������`�q�����Ɨ\��̌o�߂̊֘A�ɂ‚��Ē��ׂĂ���B�{�u���ł́A���̂悤�ȉ�͂̕��@�⌋�ʂɂ‚��ďЉ�����B

13/01/2011:�@16:45�`�@�����ۈ� (������`�w�������^����������w�@��w �����@������DNA������ ���ʋq��������)

�V�^�V�[�P���T (NGS) �̏o���ɂ��A�Z���Ԃɒ�R�X�g�ő�K�͂ȉ���z���͂��”\�ƂȂ��Ă���B�������Ȃ���A �z�񂩂�����悭���������o�����߂ɂ́A���̂悢���t�@�����X���\�z�A���J�A�񋟂���Ă���K�v������B���ۉ���z��f�[�^�x�[�X (INSDC) �̉^�c�ɋ��͂��Ă���u���{DNA�f�[�^�o���N (DDBJ)�v�ł́A���f�[�^���|�W�g����DDBJ Sequence Read Archive (DRA) �ƁA��͂��x������ DRA pipeline���\�z���ANGS�R�����̉�́A�ۑ��A���L���������邽�߂̑̐����‚����Ă����B �{�u���ł͂����E̎��g�݂̍ŐV�̏󋵂�񍐂��A���킹�ē����f�[�^�x�[�X�v���W�F�N�g�̈�‚Ƃ��Ă�����DNA�������œW�J���Ă��� �\�[�V�����A�m�e�[�V�����V�X�e��KazusaAnnotation �ɂ‚��Ă��Љ�����B

25/11/2010:�@17:00�`�@�ˌ����r (������Ѓg���s�J���e�N�m�Z���^�[�@�����J����)

���ꌧ�́A����U���v��Ɋ�Â��u�o�C�I�e�N�m���W�[�̌����J���v�ɐϋɓI�Ɏ��g ��ł���A����܂ŗl�X�Ȏ{��𐄐i���Ă���B�u�����[�Q�m���v���W�F�N�g�v�́A������V�[�P���T���j�Ƃ����Z�p�⌤�����ʂɂ��n��U����ڎw����[�o�C�I������Ս��x�����ƂƂ��āA2008 �N8 ���ɃX�^�[�g�����B�{���Ƃł͎�Ƃ��ĂR�‚̌������ڂɂ�萄�i���Ă���B �@�u������V�[�P���T�ɂ��Q�m���z�񓙂������I�E�����x�ɉ�͂����ՋZ�p�̊J���v �A�u�n�򌤋��Ɍ��т‚��q�g�Q�m�����̌����I�l���Ƃ��̋@�\��́v �B�u���y�Y�Ɠ��̎Y�ƐU���Ɍ��т‚��L�p���������̃Q�m�����̌����I�l���Ƃ��̋@�\��́v ����́A������V�[�P���T�̊�{�I�����Ɋւ���b��ƁA���̊��p��Ƃ��Ă���܂ł̎��Ɛ��ʂɂ‚��ďЉ �����B

18/11/2010:�@16:45�`�@�M�䖾�� (��B�H�Ƒ�w���H�w���������H�w�ȁ@�E���)

�]�ʈ��q�Ȃ�DNA �Ɍ�������`�����́A�Q�m����������ٓI�ȃ^�[�Q�b�g�z���F �����������邱�Ƃɂ��A��`�q�����̎��ԓI��ԓI�Ȑ�����s���Ă���B���݁A�����̐�����ɂ����Ċ��S�Q�m�������X�Ɩ��炩�ɂ���A�]�ʈ��q�̃^�[�Q�b�g����Ȃǂ��@�\��͂̏d�v�ȃe�[�}�ƂȂ��Ă���B�܂��A����܂łɑ����̒`������DNA �̕����̂̍\�E������炩�ɂ���Ă��邪�A�`�������ǂ̂悤�ɂ���DNA �̔z���ǂݎ���Ă���̂��悭�킩���Ă��Ȃ��B�`�����ɂ��DNA �z��F���̃��J�j�Y���𗝘_�I�Ɍ�������A�v���[�`�Ƃ��ẮA��ɁA�m���x�[�X�I���邢�͋A�[�I�A�v���[�`�ƁAab initio �I���邢�͉�㈓I�A�v���[�`�Ƃɕ�������B�A�[�I�A�v���[�`�ł́A���m�̒`�����EDNA �����̂̍\���f�[�^����͂��邱�Ƃɂ�蓾����o���I�m���Ɋ�Â��ĔF���̍\�����J�j�Y�����l�@���A�Q�m�����x���ł̓]�ʈ��q�̃^�[�Q�b�g�\���Ȃǂ։��p����B����A��㈓I�A�v���[�`�ł́A���̂悤�Ȍo���I�m���ɂ͗��炸�ɁA�A�~�m�_�Ɖ���̑��ݍ�p��DNA �\���̌v�Z�@�V�~�����[�V�������s�����Ƃɂ��A�F�����J�j�Y���Ɋւ�����𓾂�B����܂ł̌����ɂ���āA�`�����EDNA �F���̕��q���J�j�Y���ɂ‚��Ăǂ̂悤�Ȓm���������Ă���̂���������B

04/11/2010:�@16:40�`�@�r����� (������`�w��������`��񕪐͌����� �y����)

�q�g�Q�m���z��̉�Ljȗ��A�����Ȋw�̌���݂̂Ȃ炸���퐶���ɂ��Q�m�����g�߂ɂȂ��Ă��Ă���B����ɁA�������N�̋Z�p�v�V�A���ɁA������V�[�N�G���T�[�̓o��ɂ��A�����x�I�ɃQ�m�������̑��݊��������Ă��Ă���B�{�Z�~�i�[�ł́A�Q�m���z���p���������A���ɁA��X����r�i���w�����ɂǂ̂悤�Ȋϓ_����A�v���[�`���A�Q�m����͂�i���̌����ɖ𗧂Ă悤�Ƃ��Ă���̂����Љ��B

21/10/2010:�@17:00�`�@���}���a (������w��w�@���w�n�����Ȑ����Ȋw��U�@�זE�������w�������@����)
(�����̐����q��w�������w���猤���Z���^�[��Á@�����Ȋw�Ȉϑ������J�����Ɓu�����f�[�^�x�[�X�v���W�F�N�g�v����)

�N�}���V�ނ́A�Ɍ��I�Ȋ‹��X�g���X�ɑϐ����������ƂŒm������������ł���A�ߑ������Ƌ߉��̊ɕ������ƌĂ΂��Ǝ��̓�������`������B�����N�}���V�̑����͊O�E�̊����ɉ����ĒE�����A�����ƌĂ΂�閳��ӏ�ԂƂȂ��Ċ����ɑς���\�͂����B������Ԃ̃N�}���V�͒������E���ቷ�E�������E�^��E���ː��ȂǗl�X�ȋɌ��‹��ɑϐ����������A���������N�}���V�̊����\�́E�Ɍ��‹��ϐ��̕��q���J�j�Y���ɂ‚��Ă͂قƂ�Ǖ������Ă��Ȃ��B��X�͊����\�͂̃��J�j�Y���Ƃ��̐i���ߒ��̉𖾂�ړI�Ƃ��āA�ߔN�{�M�Ŏ���n���m�����ꂽ���R�d�i�N�}���V�����f���ɃQ�m����͂��s���Ă���B���R�d�i�N�}���V�̃Q�m���T�C�Y�͖� 60Mb �ƃN�}���V�̒��ł��ŏ��̕��ނł���A����܂łɃT���K�[�@��p���� 16x �J�o���b�W�̃z�[���Q�m���V���b�g�K�����E͂��s���A�h���t�g�Q�m���̉�ǂ��قڊ��������B�����\�́^�Ɍ��‹��ϐ������“����Ƃ��ď��̃Q�m����͂ł���A�Ɍ��‹��ϐ������̃��f���Ƃ��ė��p���邽�߂̈�`�q����Ղ𐮔������B����ɑϐ��Ɋ֘A������^���p�N���Ƃ��ă��R�d�i�N�}���V���o�t�����ʂɔ������Ă���R�ÏW���^���p�N���T���P���E���肵���B��������V�K�ȃ^���p�N���ł��������A�N�}���V�̃Q�m����ɂ͗ގ���`�q�i�p�����O�j�������R�[�h����Ă���R�‚̃t�@�~���[���`�����Ă��邱�Ƃ𖾂炩�ɂ����B�����̃^���p�N���͊����ϐ��ȂǃN�}���V�ŗL�̐����Ɋ֗^����ǂ����ƍl���Ă���B

03/06/2010:�@16:45�`�@Sun-Shin Cha (Marine Biotechnology Research Center, Korea Ocean Research & Development Institute)
(Co-sponsored by Targeted Protein Research Program)

Human DJ-1 is a representative member of the DJ-1 superfamily whose members are evolutionarily distributed from Archaea to Eukarya. Mutations in the DJ-1 gene have been implicated in the autosomal recessive early-onset parkinsonism. DJ-1 is a soluble dimeric protein playing critical roles in response to oxidative stresses and neuronal maintenance. However, several lines of evidence point to the existence of nonfunctional aggregated form of DJ-1 in the brain of patients with some neurodegenerative diseases. Here, we show that inorganic phosphate (Pi), an important anion whose level was reported to be elevated in patients with Parkinson�fs disease (PD) transforms DJ-1 into filamentous aggregates. According to the 2.4 �� crystal structure, DJ-1 dimers are linearly stacked through Pi-mediated interactions to form protofilaments, which are then bundled into a filamentous assembly. The Pi-induced aggregation of DJ-1 sensitizes cells to oxidative stress known to contribute to neuronal degeneration, suggesting the implication of DJ-1 aggregation in disease pathogenesis. Our study presented here opens new avenue to the elucidation of the implication of DJ-1 in the pathogenesis of neurodegenerative diseases including PD and to the development of inhibitors preventing DJ-1 aggregation.

21/01/2010:�@16:45�`�@�����@�B�i�����̐����q��w�@�������w���猤���Z���^�[�j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�����Ȋw�␶���w�ɂ����āA�@�B�w�K�Z�p��p�����o�[�`�����X�N���[�j���O�̗L�p�����L���F�������悤�ɂȂ��Ă����B��`�q�̈�̔���A�^���p�N���̋@�\�̗\���A�����v���t�@�C���Ɋ�Â���Ðf�f�C�^���p�N���ԑ��ݍ�p�\���A���K���h�^�[�Q�b�g�ԑ��ݍ�p�\���ȂNj@�B�w�K�̉��p�͈͕͂��L���B�����̉��p�ɂ����āA�����̏ꍇ�A�����̗\����肪�֘A���Ă���B���E�܂ł͊֘A���镡���̗\������ʁX�ɉ����Ă������A��X�͕����̗\�����𓯎��ɉ������Ƃɂ���ė\�����x�����コ����v�Z��@���J�������B�{�Z�~�i�[�ł́A�@�B�w�K�͂ǂ̂悤�Ȗ��ɗ��p�ł��A�ǂ̂悤�Ȍ����ŗ\�����s���̂��A�����w���w����̉@���E�w�����ɂ������ł���悤�Ȃ킩��₷����������݂�B����ɁA�����̗\�����𓯎��ɉ����V��@���Љ��B

19/11/2009:�@16:45�`�@Steven Hayward�iUniversity of East Anglia, U.K.�j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

Protein function involves conformational change and in most cases this conformational change will involve a domain or a loop. However, very different methodologies are required to understand conformational changes in these two different structural categories. In the talk I will describe methodologies, show examples, and end showing how in a functioning alcohol dehydrogenase, a loop movement is engaged to control a domain movement.

15/10/2009:�@16:45�`�@�D�c�t�q�i����������w�@��w�擱�Ȋw�����ȁj
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@�Q�O�O�P�N�Ƀq�g�Q�m���̑S����z�񂪕񍐂���A����ȍ~�`���p ���W�[��I���E�[�^���A�A�J�Q�U���Ȃǂ̃q�g�ɋ߉��ȗ쒷�ނ̃Q�m�������X�ɉ�ǂ���Ă��܂����B�����́A�߉��쒷�ނ̃Q�m���̃f�[�^�͉����q�g�̓����ł��邩�𖾂炩�ɂ����ŁA�傢�ɖ𗧂��܂��B�܂��AHAPMAP�f�[�^�x�[�X�Ƃ�΂��q�g�W�c�ł̌l�l�̃Q�m���̈Ⴂ�i��`�I�E��^�j�𒲂ׂ��f�[�^�x�[�X�������‚����J�����悤�ɂȂ�܂����B�����̈�`�I���^�̃f�[�^�́A�Ⴆ�΁A�q�g�̗l�X�Ȍl�����������̂ɖ𗧂‘��ɁA�q�g���A�t���J���琢�E���֊g�U�����l�q���Č������ɂ��𗧂��Ă��܂��B�{�u���ł́A���̂悤�ȃq�g�Ƃ��̋߉��쒷�ރQ�m���A�q�g�̈�`�I���^�̃f�[�^�����Ƃɖ��炩�ɂȂ����q�g�̐i�����Љ�܂��B�u���͊w�����C��w�@���ɂ�������₷�����b���܂��B

16/07/2009:�@16:45�`�@�L�c�N�Y�i�����w��������������Ռ�������j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@���C�t�T�C�G���X����ł́A�����T���v�����ŏ��Ɋۂ��Ƒ��肵�ăf�[�^�x�[�X�����A�ォ�炻�̃f�[�^���ڂ������͂��Ă����u�I�~�b�N�X�����v�Ƃ����X�^�C�����嗬�ƂȂ�܂����B���̂��߁A�e�������{�ł͌����Ώۂ����m�Ƃ��Ĉ��������łȂ��A��񉻂��ꂽ�f�[�^�x�[�X�Ƃ��Ă������邱�Ƃ��s�Œ��ł��B����ɁA����瑽���̃f�[�^�x�[�X�𒇗����ɂ��āA�����̌����҂Ƃ̍��ۓI�ȘA�g�֌W��z���Ă����˂΂Ȃ�܂���B����BASE����ł́A���̂悤�ȃ��{�‹���N��������ł���u�f�[�^�x�[�X�����C���L���x�[�V�����Z���^�[�i�����T�C�l�X�j�v���C���^�[�l�b�g��ɍ\�z���A�f�[�^�x�[�X�̍\�z�E�A�g�E���J�E�����܂ł𑍍��I�ɐ��i���Ă��܂��B��ʓI�ɁA�f�[�^�x�[�X�͏����̌����ҁE�Z�p�҂̕��X�����ɔ\�͂𔭊����Ă��镪��ł�����܂��B�č��̃W���N�\���������ł��f�[�^�x�[�X����̃��[�_�B�͂قڏ����ł��B����A�q��Ďx����ݑ�Ζ��Ȃǂ̓����₷���‹��𐮂��邱�ƂŁA�����̌����ҁE�Z�p�҂������I�ɂ��̎d���Ŋ��􂵂Ă�����悤�ɂȂ�Ɗ��҂��Ă��܂��B

25/06/2009:�@16:45�`�@�k�����N�i������w���q�EזE�����w�������n����������j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@�������ۂ͒`�����E�j�_�Ȃǂ̐��̍����q�₻���̏W���̂ł��鐶�̒����q�̓����ɂ���Ĉێ�����Ă��܂��B�o�C�I����ł͈�`���A�`�������̍\���A���q���ݍ�p���Ȃǂ̑�ʏ�񂪖��炩�ɂȂ��Ă��Ă��܂����A����Ő��̍����q�⒴���q�������d�g�݂ɂ‚��Ă͌��q���x���ł͂܂��\���𖾂���Ă��܂���B���q�V�~�����[�V������p����΁A�����w�Ɖ��w�̌����Ɋ�Â��Đ��̕��q�␅�E�C�I�����ɂ���č\�������V�X�e�����R���s���[�^��ɍ��o���A����炪�@�\�𔭊�����Eߒ������q���x���Ŋώ@���邱�Ƃ��ł��܂��B�`����1���q���琶�̍����q�������W�܂��Ăł������� �����q�܂ŁA���q�V�~�����[�V�����ɂ���Ė��炩�ɂȂ��Ă����o�C�I�̐��E���A�w�����A��w�@���ɂ�������₷�����b���܂��B

13/11/2008:�@16:45�`�@����M�q�i������Ȏ��ȑ�w��w�@���������Ȋw�������j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@�V�O�i���`�B�p�X�E�F�C�́A�P�זE�����Ƒ��זE�������敪�����{�I�ȃV�X�e���ł���ƍl������ƂƂ��ɁA���̃o�C�I�C��
�t�H�}�e�B�N�X�́A�q�g���͂��߂Ƃ���Q�m���z���͂̌��ʂ��A���E���̐l�X���Y�܂���Ă��邳�܂��܂Ȏ��a�̍����I���Ö@��
�\�h�@�̊J���ɉ��p���邽�߂ɕK�v�ƂȂ��Ă��܂��B�V�O�i���`�B�p�X�E�F�C��ΏۂƂ����o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�ɂ‚��āA
�w�����E��w�@���ɂ�������₷�����b���܂��B

23/10/2008:�@���J�K��i�i�Ɓj�Y�ƋZ�p�����������������H�w�����Z���^�[�j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

 �ߔN�̃Q�m����͂ɂ���āA�l�X�ȃ��f�������ɂ����ăQ�m���z�񂪌��肳��Ă��܂����B�����̃��f�������ł́A�Q�m����͂ɑ����|�X�g�Q�m����͂Ƃ��čזE���̑SmRNA��ΏۂƂ����g�����X�N���v�g�[����͂�����ɍs���Ă��܂��B���̃g�����X�N���v�g�[����͌����ɂ����āA�o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�͏d�v�Ȗ�����S���Ă��܂��B
�@�g�����X�N���v�g�[����͂̎����I�Z�p�Ƃ��ẮA��ɍזE���̑S��`�q�̔����ʂ𑪒肷��}�C�N���A���C��DNA�`�b�v������܂��B�����̋Z�p�ɂ���ē���ꂽ��ʂ̐��l�f�[�^�ɑ΂��A�o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�ɂ��N���X�^�����O��͂�l�Eb�g���[�N��͂��s�����Ƃɂ���āA���̍זE���ɂ������`�q�Q�̑��݊֌W�𖾂炩�ɂ��邱�Ƃ��ł���ƍl�����Ă��܂��B�{�u���ł́A�g�����X�N���v�g�[����͂̒��ł����̃N���X�^�����O��͂ƃl�b�g���[�N��͂ɂ‚��āA���̎�@�⓾��ꂽ�������ʂȂNj�̗�������‚������Ȃ���A�w�������w�@���̊F����ɕ�����₷�����b���Ă����܂��B

23/10/2008:�@�z�K�q�q�i�i�Ɓj�Y�ƋZ�p�����������������H�w�����Z���^�[�j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@�זE���ސ��̖��ɂ́A�l�X�Ȏ�e�̂����܂肱��ł���A�זE�̊O������󂯂��������q���i���́j���A�זE�̓����ɓ`����
�i�o�́j���߂́g���̑f�q�g�ƌ��Ȃ��܂��B�@�d�v�ȑn��W�I�Ƃ��Ă��m����G�^���p�N�������^��e�́iGPCR�j�́A�M���ނł�
1000�`2000��`�q�̋���t�@�~���[�ł���A�����S�̂ŁA���S����̖c��Ȑ��̓��͂ɑΉ��ł��܂��B����͑��̈�`�q�t�@�~���[�Ɣ�ׂĂ������ɑ��l���ɕx�ސ��ł��B�Ȃ��A�����͂���E�������ȃt�@�~���[��K�v�Ƃ��A�ǂ̂悤�ɂ��đ��El�������Ă�
���̂ł��傤���H�@���̂悤�Ȑݖ�́A�X�̈�`�q���ώ@���邾���ł́A�Ȃ��Ȃ������Ȃ����̂ł����A��`�q�t�@�~���[���Q
�m���S�̂Ř��Ղ��A�����̐�����Ŕ�r���邱�Ƃŏ��߂ė����ł���ƍl���܂��B�����Ȃ�ƃo�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X��@�ɂ�
��f�[�^��͋Z�p�͕s�Œ��Ȃ��̂ł��B
�@�������͂��̖ړI�̂��ƁA34��ނ̐^�j�����Q�m������ԗ��I�ɖ�30,000��GPCR�𓯒肵�ĉ�͂��Ă��܂����A�����̐i���ɂ‚�A�Q�m�����GPCR�̒��̓���̈�`�q�O���[�v���}��������A�ړ�����Ȃǂ̋����[�������Eߒ��������Ă��܂����B�o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X��@�Ŕ@���ɂ��ĉ�͂��邩���܂߁A�w�����A��w�@���ɂ�������₷�����b���܂��B

25/09/2008:�@�ɓ��@���i�i�Ɓj�_�Ɛ��������������j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

 ���̍u���ł́A��K�͂ȃQ�m���z�񌈒肪�s����ۂɂǂ̂悤�ɂ��Ĕz���͂��i�ނ̂��A�����Ă�������ǂ̂悤�ȏ�
����o���Ă������Ƃ����߂���̂������b�����܂��B�C�l�Q�m���̑S����z�񌈒�͓��{�𒆐S�Ƃ��鍑�ۋ����v��Ƃ���
���i����A2005 �N�Ɋ����ł̑S�z��𔭕\���܂����B�p����ꂽ�̂̓W���|�j�J�̓��{���Ƃ����i��ŁA�z��S����4 ����
���ɂ��Ȃ�܂��B�Q�m���𗘗p���Č�����i�߂邽�߂ɂ́A���̒���ȉ���z��̂ǂ��ɂǂ�Ȉ�`�q�����邩���܂����炩
�ɂ��Ȃ���΂Ȃ�܂���B���ꂪ�u�A�m�e�[�V�����v�Ƃ����A�Q�m�������̑����ł��B���m�ȃA�m�e�[�V������^����̂͂���
�̂ق�����ȉߒ��ł��B�����ł͉�X���AcDNA ���𗘗p���Ȃ���ǂ̂悤�ɂ��Đ��x�ǂ��A�m�e�[�V���������\�z��������
�������܂��B���ɁA���̃A�m�e�[�V������p����΁A��ԂŔz���r�����邱�Ƃɂ�荂���A���̕��q�i���ߒ��Ȃǂ𖾂�E�
�ɂł��܂��̂ŁA���Ƃ��ē]�ʊJ�n�_�̑��l���Ɋւ��Ă��b�����܂��B�܂��A�C�l�͏d�v�앨�ł��̂ŁA��b�Ȋw�I�Ȍ�
���Ɠ����ɔ_�Ə�L�p�ȏ���񋟂��邱�Ƃ����߂��܂��B���Ƃ��ΐV�K�̕a�Q��R����`�q���ǂ�����Ĕ������Ă���
�̂��Ƃ������ŐV�̌��ʂ����������܂��B�o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�ƌĂ΂�镪��́A�V�����Ƃ����Ȃ��������Ȃ�̗�
�j���d�ː��ʂ�~�ς��Ă��܂����B���̌����̐��E���ǂ̂悤�ɂ��č���A���ꂩ��ǂ��Ȃ��Ă������낤���Ƃ����ʂ��܂߁A
�w�������w�@���̊F����ɂ�������₷�����b�����܂��B

17/07/2008:�@�\�@�g�_�i�J�[�l�M�[��������w���{�Z�j
�i�������[�_�琬�v���O������Áj

  Support Vector Machine (SVM)���\�Ƃ���Kernel-based Machine Learning �ł́A�A�v���P�[�V����������t����J�[�l���֐������܂��݌v���邱�Ƃ����ۂ̌��ƂȂ�B�J�[�l���֐��͔�����l�Ƃ������w�I�����ɂ���`����Ă���A���̐����𖞑�����悤�ɃJ�[�l���֐���݌v���邱�Ƃ͈ӊO�ɈՂ����͂Ȃ��B���̈���A�P���ȃJ�[�l���֐��͑������m���Ă���A���̂��߁A�P���ȃJ�[�l���֐�����o�����āA�ΏۂƂ���f�ނ̍\���𗘗p���Ȃ���A���G�ȃJ�[�l���֐����\��������@���L���p�����Ă���BHaussler��Convolution Kernel�APolynomial Kernel �͂��̂悤�ȕ��@�̓T�^��ł���B����́A������l����SVM�Ȃǂ̊w�K�@�B�ɂ����Ă��ˆӖ��̐�����������N�����A���w�I�ڍׂ��̏ۂ��ĊȈՂɔ�����l�J�[�l���֐���݌v����ėp�I�Ȏ�@�ɂ‚��ĉ������B�u���҂�ɂ�� Convolution Kernel�y��Polynomial Kernel�̈�ʉ����A�ŐV�̘b����܂ނ��A���w�I�ȗ\���m���͐��`�㐔�̏������x�EƂ��A�܂��A��̓I�Ȏ����p���ĉ������‚���ł���B

26/06/2008:�@���@���K�i��B��w�j�i�������[�_�琬�v���O������Áj

 �^���p�N���͐��̂̒��ŒP�̂œ����̂ł͂Ȃ��A���̂��V�X�e���̗v�f�Ƃ��đ��̗l�X�Ȉ��q�Ƒ��ݍ�p���邱�Ƃō����̋@�\�𔭊�����B�������A���̂悤�ȑ��ݍ�p�͂����^���p�N�����i�������ł̐���Ƃ��č�p����B�t��
���̂悤�Ȕz��̕ω��̃p�^�[������A���̃^���p�N���ɂǂ̂悤�Ȑ��񂪓����Ă���̂���ǂ݂Ƃ邱�Ƃ��ł���B����́AComC-ComD�Ƃ����o�N�e���A�̃V�X�e���A�܂��v���X�^�����W���̍����n���Ƃ��āA���̈��q�Ƃ̑��ݍ�p���i���ɋy�ڂ��e���ɂ‚��Đ�������B

29/05/2008:�@�����@��i�k�C����w�j�i�������[�_�琬�v���O������Áj

�@�����͂��ꎩ�g����`���������Ă���킯�ł͂���܂���B���ꎩ�g���y�f�����������Ă���킯�ł�����܂���B�������A�זE�\�ʂ̓^���p�N���⎉���Ɍ������������ŕ����Ă��܂��B�����āA�����̓����͎�����‹��v���Ȃǂł��܂��܂ɕω����A���b�Z�[�W�𔭂��Ă��邱�Ƃ��킩���Ă��܂����B�����͐����́u�\��v��u�������v�ɗႦ���邩������܂���B �ߔN�A���ʕ��͋Z�p�̔��W�ɂ���Đ��̎������̓�����ԗ��I�ɍ\����͂��邱�Ɓi�O���C�R�~�N�X�j���”\�ƂȂ�‚‚���܂��B�O���C�R�~�N�X�͐����𗝉����邽�߂̐V�������_��^���Ă����ł��傤�B��X�̌����O���[�v�i�k�C����w�����a��Y�������j�ł́A�O���C�ER�~�N�X�Z�p�̊J���ƁA��������p���������ƃO���C�R�[���ω��̊֘A���������Ă��܂��B���������E��x�œ����\����񂪓�����悤�ɂȂ�A����܂œ��E������w�ł͌o�����Ȃ������悤�ȑ�ʂ̏����g���Ď������ʂ̈Ӗ������߂��Ȃ���΂Ȃ�Ȃ��Ȃ�܂����B�O���C�R�~�N�X�̎������ʂ�����������ɒ��o���邩�H�o�Ă������̒��ňӖ��̂��镔���͂ǂ��Ȃ̂��H�����̐����w�I�Ӌ`�͉��Ȃ̂��H�����̋^��ɓ����邽�߂ɂ́A�o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�͕s�Œ��ł��B �{�Z�~�i�[�ł́A�O���C�R�~�N�X�����ɂ����ăo�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X�ɍ����߂��Ă��邱�Ƃƍ���̓W�]�Ɋւ��āA�����Ȋw�n�̊w������z�肵�Ă��b���������Ǝv���܂��B

footer