お茶の水女子大学大学院「予測生物学:アミノ酸配列から予測するタンパク質の非構造領域」公開講座
平成21年1月21日(水)の授業内容:
タンパク質の構造解析からわかる非構造領域
アミノ酸配列から推定される非構造領域
非構造領域のアノテーションと非構造領域の推定(実習)
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タンパク質立体構造から観測される非構造領域の特徴
Protein Data Bank (タンパク質立体構造データベース)にある非構造領域を見てみよう。非構造領域はどのようなところにあるだろうか?
アミノ酸配列にあらわれるアミノ酸残基種比率から非構造ペプチドを推定する
構造を取りそうもないペプチドにみられるアミノ酸残基種の出現頻度は、構造を取るペプチドのアミノ酸残基種頻度とは異なっている。この傾向を数値化することで、あるペプチドが構造を取るか取らないかを推定することができるかもしれない。どのように数値化すればよいのだろうか?
アミノ酸配列にあらわれるアミノ酸残基種の複雑度を計算する
非構造領域のアミノ酸配列を観察すると、出現するアミノ酸残基の種類が乏しい(同じアミノ酸残基が繰り返しあらわれる)傾向に ある。この傾向を数値化することで、非構造領域を推定することができるかもしれない。どのように数値化すればよいのだろうか?また、 この観測は、非構造領域の必要十分条件になっているだろうか?
アミノ酸配列から非構造領域を推定するツール群
実測された非構造領域の特徴を様々な方法で抽出し、その特徴量をアミノ酸配列に適用することで、非構造領域を推定する。
リンク集
予測生物学
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