1cjdA

major capsid protein (p3) [1cjd] A chain

Surroundedness Factor
3D Structure
Raw data

Backbone structure of the protein. White subunit is in consideration.
Red region has high SF value. Space filling model is the N- and C-teminal residues.

Raw SF value of each residue

#	aa	SF
1	Leu	0.00
2	Arg	0.00
3	Asn	0.00
4	Gln	0.00
5	Gln	0.00
6	Ala	0.00
7	Met	0.00
8	Ala	0.00
9	Ala	0.00
10	Asn	0.00
11	Leu	0.00
12	Gln	0.00
13	Ala	0.01
14	Arg	0.01
15	Gln	0.01
16	Ile	0.03
17	Val	0.06
18	Leu	0.08
19	Gln	0.10
20	Gln	0.18
21	Ser	0.24
22	Tyr	0.29
23	Pro	0.37
24	Val	0.46
25	Ile	0.45
26	Gln	0.39
27	Gln	0.30
28	Val	0.21
29	Glu	0.11
30	Thr	0.03
31	Gln	0.01
32	Thr	0.01
33	Phe	0.00
34	Asp	0.00
35	Pro	0.00
36	Ala	0.00
37	Asn	0.00
38	Arg	0.00
39	Ser	0.00
40	Val	0.00
41	Phe	0.00
42	Asp	0.00
43	Val	0.00
44	Thr	0.00
45	Pro	0.00
46	Ala	0.00
47	Asn	0.00
48	Val	0.00
49	Gly	0.00
50	Ile	0.00
51	Val	0.00
52	Lys	0.01
53	Gly	0.03
54	Phe	0.05
55	Leu	0.08
56	Val	0.09
57	Lys	0.10
58	Val	0.08
59	Thr	0.06
60	Ala	0.03
61	Ala	0.01
62	Ile	0.00
63	Thr	0.00
64	Asn	0.00
65	Asn	0.00
66	His	0.00
67	Ala	0.00
68	Thr	0.00
69	Glu	0.00
70	Ala	0.01
71	Val	0.04
72	Ala	0.06
73	Leu	0.10
74	Thr	0.13
75	Asp	0.15
76	Phe	0.14
77	Gly	0.14
78	Pro	0.11
79	Ala	0.09
80	Asn	0.06
81	Leu	0.04
82	Val	0.01
83	Gln	0.01
84	Arg	0.00
85	Val	0.00
86	Ile	0.00
87	Tyr	0.00
88	Tyr	0.00
89	Asp	0.00
90	Pro	0.00
91	Asp	0.00
92	Asn	0.00
93	Gln	0.00
94	Arg	0.00
95	His	0.00
96	Thr	0.00
97	Glu	0.00
98	Thr	0.00
99	Ser	0.01
100	Gly	0.02
101	Trp	0.02
102	His	0.04
103	Leu	0.05
104	His	0.05
105	Phe	0.06
106	Val	0.09
107	Asn	0.08
108	Thr	0.08
109	Ala	0.12
110	Lys	0.15
111	Gln	0.22
112	Gly	0.31
113	Ala	0.39
114	Pro	0.48
115	Phe	0.59
116	Leu	0.70
117	Ser	0.86
118	Ser	1.04
119	Met	1.33
120	Val	1.61
121	Thr	1.98
122	Asp	2.39
123	Ser	2.87
124	Pro	2.87
125	Ile	2.80
126	Lys	2.44
127	Tyr	1.98
128	Gly	1.54
129	Asp	1.42
130	Val	1.23
131	Met	1.15
132	Asn	1.03
133	Val	0.77
134	Ile	0.48
135	Asp	0.35
136	Ala	0.24
137	Pro	0.17
138	Ala	0.12
139	Thr	0.09
140	Ile	0.05
141	Ala	0.01
142	Ala	0.00
143	Gly	0.00
144	Ala	0.00
145	Thr	0.01
146	Gly	0.02
147	Glu	0.06
148	Leu	0.10
149	Thr	0.14
150	Met	0.15
151	Tyr	0.15
152	Tyr	0.11
153	Trp	0.07
154	Val	0.03
155	Pro	0.02
156	Leu	0.01
157	Ala	0.01
158	Tyr	0.03
159	Ser	0.05
160	Glu	0.05
161	Thr	0.04
162	Asp	0.04
163	Leu	0.01
164	Thr	0.00
165	Gly	0.00
166	Ala	0.00
167	Val	0.00
168	Leu	0.00
169	Ala	0.00
170	Asn	0.00
171	Val	0.00
172	Pro	0.00
173	Gln	0.00
174	Ser	0.00
175	Lys	0.00
176	Gln	0.00
177	Arg	0.00
178	Leu	0.00
179	Lys	0.00
180	Leu	0.00
181	Glu	0.00
182	Phe	0.00
183	Ala	0.00
184	Asn	0.00
185	Asn	0.00
186	Asn	0.00
187	Thr	0.00
188	Ala	0.00
189	Phe	0.00
190	Ala	0.00
191	Ala	0.00
192	Val	0.00
193	Gly	0.00
194	Ala	0.00
195	Asn	0.01
196	Pro	0.01
197	Leu	0.01
198	Glu	0.03
199	Ala	0.03
200	Ile	0.03
201	Tyr	0.03
202	Gln	0.03
203	Gly	0.01
204	Ala	0.00
205	Gly	0.00
206	Ala	0.00
207	Ala	0.00
208	Asp	0.00
209	Cys	0.00
210	Glu	0.00
211	Phe	0.00
212	Glu	0.00
213	Glu	0.00
214	Ile	0.01
215	Ser	0.04
216	Tyr	0.05
217	Thr	0.10
218	Val	0.11
219	Tyr	0.13
220	Gln	0.11
221	Ser	0.11
222	Tyr	0.08
223	Leu	0.08
224	Asp	0.06
225	Gln	0.05
226	Leu	0.04
227	Pro	0.02
228	Val	0.01
229	Gly	0.00
230	Gln	0.00
231	Asn	0.00
232	Gly	0.00
233	Tyr	0.00
234	Ile	0.00
235	Leu	0.00
236	Pro	0.00
237	Leu	0.00
238	Ile	0.00
239	Asp	0.00
240	Leu	0.00
241	Ser	0.00
242	Thr	0.00
243	Leu	0.00
244	Tyr	0.00
245	Asn	0.00
246	Leu	0.00
247	Glu	0.00
248	Asn	0.00
249	Ser	0.00
250	Ala	0.00
251	Gln	0.00
252	Ala	0.00
253	Gly	0.00
254	Leu	0.00
255	Thr	0.00
256	Pro	0.00
257	Asn	0.00
258	Val	0.00
259	Asp	0.00
260	Phe	0.00
261	Val	0.00
262	Val	0.00
263	Gln	0.00
264	Tyr	0.00
265	Ala	0.00
266	Asn	0.00
267	Leu	0.00
268	Tyr	0.00
269	Arg	0.00
270	Tyr	0.00
271	Leu	0.00
272	Ser	0.00
273	Thr	0.00
274	Ile	0.00
275	Ala	0.00
276	Val	0.00
277	Phe	0.00
278	Asp	0.00
279	Asn	0.00
280	Gly	0.00
281	Gly	0.01
282	Ser	0.04
283	Phe	0.08
284	Asn	0.11
285	Ala	0.13
286	Gly	0.12
287	Thr	0.10
288	Asp	0.07
289	Ile	0.06
290	Asn	0.05
291	Tyr	0.06
292	Leu	0.08
293	Ser	0.09
294	Gln	0.10
295	Arg	0.10
296	Thr	0.10
297	Ala	0.15
298	Asn	0.20
299	Phe	0.26
300	Ser	0.37
301	Asp	0.45
302	Thr	0.44
303	Arg	0.45
304	Lys	0.47
305	Leu	0.39
306	Asp	0.43
307	Pro	0.56
308	Lys	0.53
309	Thr	0.52
310	Trp	0.64
311	Ala	0.60
312	Ala	0.47
313	Gln	0.57
314	Thr	0.63
315	Arg	0.50
316	Arg	0.47
317	Arg	0.59
318	Ile	0.65
319	Ala	0.61
320	Thr	0.62
321	Asp	0.62
322	Phe	0.49
323	Pro	0.30
324	Lys	0.21
325	Gly	0.16
326	Val	0.11
327	Tyr	0.06
328	Tyr	0.04
329	Cys	0.03
330	Asp	0.03
331	Asn	0.10
332	Arg	0.17
333	Asp	0.18
334	Lys	0.18
335	Pro	0.18
336	Ile	0.11
337	Tyr	0.03
338	Thr	0.06
339	Leu	0.09
340	Gln	0.10
341	Tyr	0.10
342	Gly	0.11
343	Asn	0.06
344	Val	0.02
345	Gly	0.01
346	Phe	0.01
347	Val	0.00
348	Val	0.00
349	Asn	0.00
350	Pro	0.00
351	Lys	0.00
352	Thr	0.00
353	Val	0.00
354	Asn	0.00
355	Gln	0.00
356	Asn	0.00
357	Ala	0.00
358	Arg	0.00
359	Leu	0.00
360	Leu	0.00
361	Met	0.00
362	Gly	0.00
363	Tyr	0.00
364	Glu	0.00
365	Tyr	0.00
366	Phe	0.00
367	Thr	0.00
368	Ser	0.00
369	Arg	0.00

Go Back to the top